中国南海研究院是海南省政府下属的以南海为研究对象并从事相关学术交流的研究机构，在政策和业务上接受外交部和国家海洋局的指导。其前身海南南海研究中心成立于1996年，是外交部确定的我国南海问题研究基地。该中心自创立以来，已在南海史地、南沙群岛主权、海洋划界、南海环境保护及周边关系等领域取得了一批基础性的研究成果。

　　2004年7月，经国务院批准，海南南海研究中心正式更名为中国南海研究院。

　　中国南海研究院主要研究领域和任务包括：
　　 1、南海史地及南海诸岛主权；
　　 2、南海的地缘政治及周边各国的南海政策；
　　 3、国际法在南海地区的适用性研究；
　　 4、和平解决南沙争端的对策性研究；
　　 5、南海资源合作开发、利用与环境保护；
       6、海洋经济发展战略及体制与机制研究；
       7、南海科学调查及资源与环境评价研究。
　

      研究院下设有：

　　海洋经济研究所。研究国际海洋经济发展战略及体制；南海资源的开发、利用与保护；地方海洋经济发展规划与保障机制。

     海洋科学研究所。研究国际海洋科学领域的动态与进展；海洋划界中的科学问题；南海资源环境评价及数字化南海开发与管理。

      对外交流部。负责科研管理、开展与国内外学术机构的学术交流，承办各类学术会议，编辑出版学术成果等工作。

　　办公室。负责行政事务及人事、日程文秘、人事、财务、后勤管理等工作。