中国南海研究院是海南省政府下属的以南海为研究对象并从事相关学术交流的研究机构，在政策和业务上接受外交部和国家海洋局的指导。其前身海南南海研究中心成立于1996年，是外交部确定的我国南海问题研究基地。该中心自创立以来，已在南海史地、南沙群岛主权、海洋划界、南海环境保护及周边关系等领域取得了一批基础性的研究成果。

　　2004年7月，经国务院批准，海南南海研究中心正式更名为中国南海研究院。

　　中国南海研究院主要研究领域和任务包括：
　　1、南海史地及南海诸岛主权；
　　2、南海的地缘政治及周边各国的南海政策；
　　3、海洋法在南海地区的适用性研究；
　　4、和平解决南沙争端的对策性研究；
　　5、南海资源开发与环境保护等；
　　6、培养和储备解决南海问题和从事海洋科学研究的专门人才。

　　研究院下设有：
　　研究一部。研究南海历史与法理、南海地区形势与安全、南海周边国家政治、经济、外交、军事、人文、历史等。
　　研究二部。研究南海地理、地质、航行、气候与灾害、南海的环境、资源对经济和社会可持续发展的影响等。
　　基础部。负责与海内外学术机构的合作交流、主办会议、编辑出版学术成果，负责本院的科研管理、图书资料的建设、管理。
　　办公室。负责全院的行政事务及人事、财务、后勤管理与服务。