2014年1月27日，“南海档案及历史文献库”在我院落成。这是国内首家南海历史档案馆。

吴士存院长在落成仪式上表示，“南海档案及历史文献库”集中收藏并系统梳理民国时期的南海重要文献资料，旨在深入挖掘我国在南海权利主张的历史法理依据，从而服务于我国南海外交法理斗争。

来自外交部、农业部、国家海洋局、海南省等相关部门负责人，以及中科院、中国社科院、南京大学等科研院所和高校的专家学者代表共50余人出席落成仪式。

“南海档案及历史文献库”占地面积约100平方米，集档案典藏与展示功能于一体，收集了来自中国大陆、台湾及国外多家档案馆、图书馆、学术机构所收 藏的涉南海相关文献资料，涵盖政府公文、往来电讯稿、会议纪要、照片和近千份中外出版地图等珍贵史料，共计3万余页。目前，档案资料的补充、整理和编研还 在继续进行中。