2002年3月设立“海峡两岸南海问题民间学术论坛”，我院是论坛大陆方面的牵头单位。论坛轮流在大陆和台湾举办年度学术会议，旨在为两岸南海研究专家与学者提供交流平台，加强两岸学界联系，推动南海研究合作。论坛至今已经成功举办多届会议，取得了良好的学术交流成果。